本届赛事，三大球的奖牌设置采用“321”的计算方式，即：冠军获得3枚金牌，亚军获得2枚金牌，季军获得1枚金牌；第四名获得3枚银牌，第五名获得2枚银牌，第六名获得1枚银牌；第七名获得3枚铜牌，第八名获得2枚铜牌。未能晋级决赛阶段的队伍在附加赛中角逐第九名，胜出者将获得1枚铜牌。

第12届全运会足球奖牌排名榜
排名	代表团	金牌	银牌	铜牌	总数
1	辽宁	6	3	0	9
2	江苏	6	1	0	7
3	上海	5	2	0	7
4	浙江	3	0	0	3
5	河南	2	0	0	2
6	湖北	1	2	0	3
7	天津	1	0	0	1
8	北京	0	5	0	5
9	陕西	0	3	3	6
10	广东	0	3	1	4
11	新疆	0	3	0	3
12	山东	0	2	4	6
13	四川	0	0	5	5
14	河北	0	0	4	4
15	吉林	0	0	3	3
16	重庆	0	0	2	2
17	解放军	0	0	2	2