在持续三年并没有得到总冠军以后，他离去德国慕尼黑背井离乡1998年他又再度加盟代理拜仁慕尼黑，与此同时也开始了史蒂芬·埃芬博格的辉煌时代那时候拜仁慕尼黑的总教练希斯菲尔德坚持不懈使他加盟代理足球队，从第一天逐渐就为他。

当时拜仁的主教练希斯菲尔德坚持让他加盟球队，从第一天开始就给他坚定的支持而身着11号球衣的埃芬博格也以出色的成绩来回报了教练对他的信任在他的率领下，拜仁1999， 2000， 2001年三次获得德甲联赛冠军，2000年获得德国杯。

而第一次的经历很明显不那么顺心，但是1998年，步入黄金时代的埃芬博格重新加盟拜仁，上演了一出王者归来的大戏 和希斯菲尔德关系融洽，是当时球队的领袖，而希斯菲尔德对他的信任也收到了回报在埃芬博格的带领下，拜仁在9901年实现了联赛三。

倒是利扎拉祖科瓦奇马特乌斯这几个人在训练场上打过几次架什么叫卡恩还年轻，他93年就来了拜仁，虽然没埃芬博格来得早老虎在9092赛季在拜仁度过了并不成功的两年，但是做了多少年的主力门将了，怎么会是小字辈呢。

观众雷鸣般的掌声中结束，这场比赛宣告埃芬博格与拜仁正式告别当整个队伍鼓掌向他们的队友致敬时，台下球迷不断叫喊“再见！”，高举将近20米宽的横幅“2001，米兰我们不会忘记！谢谢！Effe！”。

两个不同位置的球员基恩是防守型中场，现在来看，有的时候也打全能中场而埃芬博格是攻击型中场，有的时候也打前腰的位置以成就来说，两个人差不多本来埃芬博格是占便宜的，能在国家队略胜基恩一筹不过在90年的。